کتابخانه اصلی بنیاد مطالعات ایران شامل حدود ۴۵۰۰ جلد کتاب در زمینه های گوناگون از جمله تاریخ، سیاست، فرهنگ و ادب کلاسیک و معاصر ایران است. مجموعه ای قابل توجه از اسناد، نشریه ها و نوشته ها درباره اوضاع و احوال زنان ایران و برخی دیگر از جوامع اسلامی نیز در مرکز زنان بنیاد در دسترس پژوهشگران قرار دارد. منابع دیگری نیز در کتابخانه بنیاد گردآوری شده اند، از جمله مجموعه ای از مقالات نشریه نیویورک تایمز درباره ایران، قریب به ۴۰۰ نوار از دستگاه ها، گوشه ها و آثار موسیقی کلاسیک ایرانی، مجموعه ای از اسلاید درباره هنر و فرهنگ ایران برگرفته از کلکسیون موزه نساجی واشنگتن و برنامه معماری اسلامی آقاخان در دانشگاه های هاروارد و ام آی تی و گالری آرتور ام. سکلر. علاوه بر این، مجموعه ای از نوشته ها و تفاسیری که درباره جنگ ایران و عراق در نشریه های معتبر آمریکائی به چاپ رسیده اند، در سال ۱۹۹۲ از سوی یک بنیاد پژوهشی در واشنگتن به کتابخانه بنیاد هدیه شد.
بخش عمده ای از کتابخانه بنیاد را آرشیو پهلوی تشکیل می دهد که همچنان در دست تنظیم و طبقه بندی است. این آرشیو رو به گسترش شامل منابع دست اول درباره دوران پهلوی است، از جمله مصاحبه های برنامه تاریخ شفاهی بنیاد، فیلم، اسلاید، عکس، بریده های نشریات، مقاله و کتاب. در سال ۱۹۹۳ مجموعه ای از عکس های خانوادگی و تاریخی خانواده پهلوی به این آرشیو افزوده شد. گاهنامه پنجاه سال پادشاهی پهلوی نیز که به همت زنده یاد شجاع الدین شفا در دهه پنجاه شمسی در ایران تنظیم و در سال ۱۳۵۷ به چاپ رسید، اما تمام نسخه های آن از سوی نظام جمهوری اسلامی جمع و نابود شد، اکنون در تارنمای بنیاد در دسترس علاقمندان به تاریخ ایران قرار دارد.
